Zakończenie realizacji projektu i jego rozliczenie nie wyklucza możliwości przeprowadzenia kontroli oraz prowadzenia procedur związanych z odzyskiwaniem wydatków niekwalifikowalnych.

Kontrole po zakończeniu w ramach PO KL - co do zasady - dotyczą kontroli trwałości operacji i/lub rezultatu, które prowadzone są na próbie projektów wyłonionych do kontroli w danym roku kalendarzowym, zgodnie z zapisami Rozdziału 7 Zasad kontroli w ramach PO KL.

Decyzja o przeprowadzeniu tego typu kontroli może zostać podjęta także w innym zakresie, np. w zakresie weryfikacji prawidłowości rozliczeń finansowych lub zgodności zamówień udzielonych w ramach projektu. Kontrola taka przeprowadzana jest w trybie doraźnym i może wynikać m.in. z otrzymanej informacji o potencjalnych nieprawidłowościach związanych z danym projektem, które zostały ujawnione po rozliczeniu końcowym.

Beneficjent ma obowiązek poddania się kontroli po zakończeniu w okresie obowiązującego go terminu przechowywania dokumentacji związanej z realizacją projektu.