Kontrola realizacji projektu ma na celu weryfikację prawidłowości realizacji projektu zgodnie z Umową/decyzją o dofinansowanie projektu oraz załączonym do niej Wnioskiem o dofinansowanie projektu. Sprawdzane jest także, czy informacje dotyczące postępu realizacji projektu oraz poniesione wydatki, które przedstawiłeś we Wniosku o płatność są zgodne ze stanem rzeczywistym, harmonogramem realizacji projektu, harmonogramem płatności oraz budżetem projektu.
Kontrole projektów przeprowadzane są zarówno w trakcie, jak i na zakończenie projektów. Ponadto istnieje możliwość prowadzenia kontroli po zakończeniu realizacji projektu, szczególnie w przypadku kontroli trwałości oraz podejrzenia wystąpienia nieprawidłowości w projekcie.
Kontrole projektów – w zależności od rodzajów projektu – przeprowadzają:
- Instytucja Zarządzająca;
- Instytucja Pośrednicząca;
- Instytucja Wdrażająca.
Oprócz Instytucji Zarządzającej PO KL, Instytucji Pośredniczących oraz Instytucji Pośredniczących II Stopnia do przeprowadzania kontroli/audytów wydatkowania środków w ramach PO KL uprawnione są również inne instytucje, m.in.:
a. Komisja Europejska, która przeprowadza audyty na podstawie art. 72 ust. 2 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. Audyty prowadzone na miejscu przez urzędników Komisji lub jej upoważnionych przedstawicieli służą weryfikacji skutecznego działania systemów zarządzania i kontroli,
b. Europejski Trybunał Obrachunkowy działający na mocy Traktatu Brukselskiego z 22 lipca 1975 r.;
c. Najwyższa Izba Kontroli na podstawie ustawy z dnia 23 grudnia 1994 r. o Najwyższej Izbie Kontroli (Dz. U z 2012 r., poz. 82 z późn. zm.);
d. Instytucja Audytowa, która przeprowadza audyty zgodnie z art. 62 rozporządzenia Rady(WE) Nr 1083/2006;
e. Instytucja Certyfikująca na podstawie zapisów Wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego w zakresie warunków certyfikacji oraz przygotowania prognoz wniosków o płatność do Komisji Europejskiej w Programach Operacyjnych w ramach Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia na lata 2007-2013,
f. urzędy kontroli skarbowej przeprowadzające kontrole skarbowe zgodnie z ustawą z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r., Nr 41, poz. 214, z późn. zm.);
g. regionalne izby obrachunkowe działające na podstawie ustawy z dnia 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych (Dz. U. z 2012 r., poz. 1113, z późn. zm.).
W kontrolach na miejscu projektów mogą brać udział eksperci zewnętrzni zapewniający odpowiednie wsparcie merytoryczne, np. w obszarze zamówień publicznych. O ewentualnym udziale eksperta w kontroli decyduje jednostka kontrolująca.